Если всё правильно сделать, то без проблем.
Если антивирус осмысленный, то на его сайте есть утилита для корректного удаления. После этого, очистка реестра с загрузкой с LiveCD (потому что, некоторые записи антивируса в обычном режиме удалить не получится). В принципе, это можно не делать. Никаких последствий от мусора в реестре не будет.