Те, которые остались от старой системы можно и нужно, однако новая ОС сделает такие-же опять, и вот с ними уже ничего делать нельзя... да они и не отображаются "по умолчанию".
Что значит удалить? При установке можно разбить диск на разделы и отфарматировать эти разделы. Тогда эти сервисные разделы не создадуться (нет свободного места чтобы их создать). Всё будет работать без проблем
P.S: Для ЭФИ загрузки действительно нужен спец раздел УЭФИ на диске - но ему 16 МБ достаточно