JavaScript читается и выполняется в среде браузера.
Flash ранее был плагином для браузера, выполнялся сторонним процессом в своей среде, именно поэтому подобные технологии ввиду их небезопасности были упразднены и нынче не используются. Сейчас есть технология на JS, которая работает с Flash, то есть нынче это также выполняется в среде браузера.