GPT - это для системы в режиме UEFI, более современный режим, но линукс с ним херово работает. MBR - Legacy, более старый, но линукс с ним работает на отлично. Дело в том, что диск так-же должен быть преобразованы в нужную схему, в зависимости от режима работы BIOS!