Я не завидую вашему 1С- админу - конфигуратору...
Да, как вариант под отдельным юзером и на отдельном логическом диске... Если эта программа у вас официальная и приобреталась официально. В противном случае статья 146 УК РФ... а там, как на вас посмотрят.
Знаю 2 случая: 1 - штраф 160тр.; 2- 480 часов принудительных работ на благо государства.