да ничего, виндовская прога запускается в песочнице, в своём окружении, виндовские буквенные диски типа "C" эмулируются, к остальной файловой системе доступа не имеет.
на всякий случай надо погуглить параметры запуска wine на предмет дополнительных ограничений, например можно отключить сеть.
и да, не запускать под рутом, собственно это основное для безопасности.