Посмотри вентиляторы - везде ли они нормально установлены и крутятся.
Как вариант переключи монитор в другое гнездо на видяхи. И перекинь видяху на другой слот PCI-E если есть.
Еще возможно у тебя стоит режим сна или что то подобное - отруби в настройках питания.
В биосе выруби всякие энергосберегающие штуки типо гринповер, EuP2013 (на проце не вырубай C1E и qoul n quit).
Так же если был разгон шины PCI-E или PCI (в биосе) - сбрось на минимум. Для PCI 64, а для PCI-E 100.
Если пробовал разлочить ядра то здесь только сброс биоса (инструкцию к мамке ищи в инете).
Так же могут быть траблы с парными видяхми кросфаир, сли или чего там еще подобное...
Если обновлял прошивку биоса (или не обновлял) - обнови еще раз.
Проверься на вирусы например cuteit -ом.
Переустанови дрова для видяхи.
Если пользовался твикерами, оптимизаторами - однозначно переустановка винды.
Хоть бы написал что за комп - видяха, проц, мамка и прочее... Какая винда стоит. А то наши медиумы в отпуске.