Поскольку 99% времени я пользуюсь одной из разновидностей Linux, то кастомизация там изначально )) Ставишь какую-нибудь Gentoo или LFS и из исходников компилируешь себе только то, что хочешь сам - от ядра, до софта и под свою систему (остальные драйвера можно из ядра выкинуть) - вот где глубокая кастомизация.