В программе Reg Organizer в разделе "деинсталлятор приложений" есть функция создания снимков реестра в моменте и сравнение снимков для выявления изменений. Можно сделеть снимок реестра, поработать в какой-то программе, и потом сравнить, что изменилось. Но нужно иметь ввиду, что в системе самой много процессов, поэтому не все изменения будут связаны с программой. А отследить работу с файлами почти невозможно. В обычной системе не сохраняется информация о том, какая программа изменила тот или иной файл.