Если имеешь ввиду установщики, то бывают разные. Есть deb пакеты, есть rpm, есть run, есть портабл (AppImage), есть snap, есть flatpak. Есть консольные: apt, pacman, yum
Что значит "формат программ"?
Система попытается исполнить любой файл, которому установлен аттрибут "исполняемый", а что там будет УНУТРЕ - это уже на совести того, кто установил этот аттрибут. Исполняются шелл-скрипты и бинарные программы стандарта POSIX.