Чтобы из под PHP запустить, а затем производить управление photoshop-ом хоть какой версии нужно неслабо так исхитриться, но в целом такое конечно возможно. А вообще сначала выделить объект долго и тщательно его обводя например lasso или если он позволяет можно magic wand-ом воспользоваться, скопировать его. Затем создать новый документ/картинку она получит размеры выделенного объекта скопрированного в буфер обмена. Соответственно вставить и можно смело сохранять.... Ну это я так делаю, может и по старинке.