Scripts may close only the windows that were opened by it при попытке javascript:window.close();
И чё теперь делать?
Хочу обратить внимание, что это всё содержимое php файла, и вставлять большие скрипты не рекомендуется.
Скрипты могут закрывать только те окна, которые они же и создали. Напишите скрипт, который создаёт нужное вам окно и остаётся работать, пока вам не понадобится вызвать в нём функцию закрытия созданного окна.