Хоть она и стоит в загрузке первой, чтобы Windows установить с флешки она должна быть загрузочной и на неё скопированы файлы установки винды. Легче всего это сделать спецпрограммами например WinSetupFromUSB или Rufus. Да и вообще погугли " Как установить виндовс с флешки"