Программы для моделирования не делают ничего принципиально нового. Так же создают полигоны, прописывая относительные координаты вершин, редакторы просто автоматизируют и упрощают процесс. Те же файлы можно создавать в ручную. Погугли как работают с теми же библиотеками OpenGL, например. Понятно, что это дольше на порядок, но реально.