скайп нормально при сворачивании уходит в трей, для этого достаточно в настройках (Ctrl+,) выбрать "Дополнительно – Расширенные настройки" и снять галочку "Не убирать из панели задач, когда я в сети". После этого закрытое окно скайпа сворачивается в трей и по альт-табу не вызывается. вайбер тоже сворачивается в трей, без всяких настроек. а остальные – зависит от программы.