На уровне интерпретатора/компилятора, когда генерируется машинный код приложения. Машинный код, полученный в результате, работает с железом(всякими контроллерами, процессорами) и не привязан к языку высокого уровня.
А зачем их "соединять". GO работает на сервере, Javascript - в браузере. Каждый на своем месте. Хотя вообще возможны какие-то вставки на одном языке внутри кода на другом языке