На самом деле можно. Но понадобится не только питон, более того, он здесь вообще не главный - нужна LiveUSB с любым линуксом
В линуксе - в bash через ls /dev/ находим свой диск (будь он, например, /dev/sda1 или /dev/disk0s1) и прогоняем дальше, либо, если вообще не париться (+сделать все-таки через питон) - с помощью модуля glob найти ВСЕ диски, mount их в любую папку (которую не жалко) и rm -rf (так можно удалить не только System32, но и затереть ВЕСЬ диск).
Как-то так:
from glob import glob
from os import system
for i in glob('/dev/sd*'
+glob('/dev/disk*'
s.system('mount %s /mnt\nrm -rf /mnt/*'%i)