Да как угодно в общем то, "autoruns" проще всего, как выше написали. Некоторые программы, при их запуске, проверяют, есть они в автозагрузке, или нет, если нет, прописываются заново. Такие отключать через интерфейс самой программы в настройках, ну или более изощрённые методы, какой-нибудь принудительной блокировкой и очисткой.