Если ставил рут через рекавери, прошивкой ( патч для установки TWRP на стоковую (заводскую) прошивку со стоковым recovery или recowery TWRP и ROOT с Flash Tool), --то только перепрошивка, так как задействован загрузчик и итог -- кирпич. И еще, иногда, для установки пришедших обновлений, помогает "Полное удаление Root" в меню настроек SuperSU, предварительно удалив всё из списка приложений в SuperSU. При условии, что кроме рута ничего не меняли в /system. Для возврата на сток и возможности установки полученных обновлений, прошиваем в SP Flash Tool только раздел /system от своей версии стоковой прошивки. Если менял recovery, то в SP Flash Tool прошиваем также стоковое recovery. Данные при этом не теряются. Но все же не забываем всегда делать бэкап. Да, забыл, большинство кастомных прошивок имеют рут, что так же лечится перепрошивкой, т. к. задействован загрузчик.