для html+css+js есть деобфускаторы и распаковщики если код обфусцирован, а также отладка как самого кода (например в хроме в devtools) так и запросов которые он шлет на сервер (отладка с помощью сниффера) для флеш существуют декомпиляторы, ну и отладка тоже возможна