Как понять без программ? Если чисто моделить кодом то попробуйте Proccesing(там все просто), а если вообще без компа то на бумаге наверное-)или что вы емеете ввиду?
В воображении представляешь и моделируешь... очень мозги развивает кстати. А так даже если ты в блокноте будешь координаты писать, то все равно надо сесть за комп... что есть просто туча программ и преобразовать в нужный тебе формат.
В зависимости от используемой библиотеки. Например, сейчас популярна технология WebGL и более высокоуровневые библиотеки на основе WebGL (например, TreeJS). Там прямо в коде можно строить примитивы. Но пара программ всё-таки понадобится - текстовый редактор и браузер, чтобы отобразить всё это великолепие )