тебе и js в этом случае не поможет браузер - это песочница, которая в идеале полностью изолирована от системы, доступ к которой осуществляется через довольно ограниченный набор api и что-то мне подсказывает, что в жсе нет апи, через который можно было бы запускать батники на машине пользователя