Сначало установи операционную систему на SSD, и затем перенеси программы на него. Желательно версии программ "Portable" перенести. Они для этого и созданны. Установочные версии могут иметь очень много "корней" на диске с операционной системой. Ну и как вследствие можешь перенести программ неполноценно. Например закладки, или что то остаться на HDD. А портабельные версии берешь целиком с их папками и перекидываешь. Вот так идеально будет.