Чтобы поменять 32 бит на 64 бит нужно систему на 32бит удалить и поставить систему 64бит... т. е. с системного диска удалится всё,а на остальных всё будет по прежнему... Файлы на рабочем столе, как правило, принадлежат системному, а значит они удалятся, а также удалятся все программы расположенные на системном диске и их придётся устанавливать снова.