Неплохие боты-кликеры получаются при помощи класса java.awt.Robot.
А если нужно химичить в Интернете, то можно слать HTTP-запросы или имитировать действия пользователя в браузере при помощи Selenium.
Смотря для чего нужен бот. Мало конкретики. Если для онлайн игр - то для ингейм ботов javascript+php+html+css самое оно. Я как плагины к хрому делал ингейм ботов на этих языках. Можно и трафик перехватить и любые игровые функции.