Если есть скрытый раздел, то флешка не нужна. А если нету, то проще винду переставить, после форматирования раздела. Изначально стоит Операционку и программы ставить на диск С, а сами файлы на другие разделы + самое важное копировать на флешку или переносной диск. Там же хранить драйвера и установочные файлы программ. Кроме тех, которые часто обновляются, как браузеры.