Используется программа с флешки, может ли она проявиться при проверки ПК на лицензирование всех программ, если флешка извлечена?
Сохраненные PDF файлы хранят информацию в какой программе были сохранены?
1) Если не требует прав администратора, то программа не будет что-либо прописывать в системные папки и реестр. Если требует, то будет. 2) В свойствах файла, к примеру, Adobe Acrobat отображает в настройках программу, где файл был сделан. Программа может вносить, а может и не вносить данные.
См. ответ "Валерий Аникин". С дополнением, что винда сама оставляет записи о каком-либо найденном ПО и о его запуске, потому следы остаются даже в случае запуска абсолютно портбельного ПО.