Оба занимаются разработкой систем, только во 2м случае, это более узкая специализация, предполагает опыт и знание в конкретной области - операционной системы и др. задач на стыке железа и прикладного софта. Будь то вновь создаваемая или существующая. Ввиду этой особенности, "системных программистов" мало, т. к. круг задач для них существенно меньше. ну, к примеру, сп меньше занимается задачами UI/UX (точно не на 1м месте), но реализация всяческих протоколов обмена со всевозможными объектами - его задача