Переместить программу можно, а настройки нет, настройки либо в реестре, либо в %USERPROFILE% и лучше там ничего не трогать, тем более что эти настройки в основном мало места занимают.
Но опять же нужно сначала установить программу на диск C (а если есть выбор, то и ставить сразу на D безо всяких заморочек), затем её настроить, скопировать причастные к программе кусты реестра в REG-файл.
Затем переместить программу в нужное место на диск D и подправить в реестре пути к программе (можно блокнотом в REG-файле) и произвести их слияние.
Некоторые программы будут тупо даже без переустановки сразу с диска D работать, а нужные кусты реестра и настройки в профиле сами создадутся, но таких программ не будет в списке "Программы и компоненты".