поставь SSD и не парься с теми пару мегабайтами прироста скорости линейного чтения. или отформатируй диск с бОльшим размером кластера и фрагментация уменьшится. Например у меня на диске с фильмами, музыкой и фотками размер сектора 64кб и фрагментации практически нет.