Linux, он, в основном, для работы в сети хорош, так что если постоянно работаете в сети, то вам однозначно нужен Linux, так что и программировать в нем придется, тем более что все компиляторы встроены по умолчанию. А вот Windows в сети - это тихий ужас - постоянно какого-то сифилиса нахватается и начинает жутко тромозить, но если работать автономно, в прикладных программах, то только Windows, тут, как раз, в автономке, Linux - тихий ужас: прикладные программы жутко глючат, тормозят, и их постоянно приходится допиливать напильником.