Linux, он, в основном, для работы в сети хорош, так что если постоянно работаете в сети, то вам однозначно нужен Linux, так что и программировать в нем придется, тем более что все компиляторы встроены по умолчанию. А вот Windows в сети - это тихий ужас - постоянно какого-то сифилиса нахватается и начинает жутко тромозить, но если работать автономно, в прикладных программах, то только Windows, тут, как раз, в автономке, Linux - тихий ужас: прикладные программы жутко глючат, тормозят, и их постоянно приходится допиливать напильником.
почти все вещи, для которых в винде приходилось исполнять лютейшие пляски с бубном и плакать в подушку, на лине делаются в две команды терминала например, сборка библиотек из сырцов