можно ли сделать такую программу, которая автоматически запускает нужный файл при входе в систему, без добавления его в папку автозагрузки, без реестра, сделать как бы аналог всего механизма автозагрузки в Windows?если да, то какой язык нужен?
Стандартный планировщик задач. Но он тоже хранит информацию в реестре. Если сделать свой механизм автозагрузки, то этот механизм должен как-то запускаться одним из способов, встроенных в Windows.
Системный сервис - пишется на любом компилируемом языке с поддержкой WinAPI либо на C#. Проблема там будет только в том, чтобы запустить твою програмулину в контексте текущего пользователя, но, думаю, это как-то решаемо.