Суть программы это работа по индексам массива. Сравнивание мест в массиве со значениями, и в зависимости от результата, запись по индексам. Тоесть например если в mass[56,78] == "18", то в mass[16,56] = 78. Итд.
Были идеи о том что возможно массив стоит сделать int, и вместо массива использовать list. Но не знаю как лучше. Дайте советы!
Опиши задачу как-нибудь более формально. Вангую, что вместо массивов тебе надо бы использовать словари и/или хеш-таблицы, но по такому прекрасному описанию точно ничего сказать не могу.