Всё верно в БИОС посмотреть приоритет загрузки. Второй диск, что вы подключили, он скорее всего более быстрый, вот БИОС автоматически и выставил приоритет загрузки системы с него.
А так же посмотрите, что бы диск на котором стоит система был подключён на материнке в разьём SATA 0