Возможно эта конкретная программа не оптимизирована под Linux!
На Linux базы данных работают быстрее, WEB сервер работает быстрее, а если говорить про файловые системы, то у Linux их намного больше, например ZFS, которая кеширует, делает snap-шоты, raid-массивы, и не нужна никакая дефрагментация!
В Windows в фс NTFS вообще такого и близко нет!