Греется либо процессор, либо аккумулятор. У меня тоже греется, уже больше чем 1.5 года (смартфон другой, если что) и все нормально. При нагрузке это совершенно нормально. В Xiaomi Redmi Note 3 Pro стоит мощное "железо", которое в любом случае будет греться. Вот если бы он нагревался просто так, это было бы действительно не нормально.