Если диск не трогать, то есть не форматировать и не удалять разделы, то вероятность "случайно удалить файлы" крайне мала, но всегда есть риск форс-мажорных обстоятельств, например контроллер диска сгорит или блок питания накроется и утянет за собой SSD.
В случае с 2-мя SSD на каждом из которых будет своя ОС придется установить приоритет загрузки или каждый раз выбирать с чего грузиться.