Как будет удобно лично вам. Я стер бы все разделы и создал один, либо два. Второй раздел обычно делают для удобства при возможной переустановке системы в будущем, чтобы не пришлось копировать файлы на внешний накопитель. То есть, диск С в будущем может быть затерт и система установлена заново, в то время как на диске D все файлы будут в сохранности.
Размеры дисков - на ваше усмотрение, но размер C лучше делать от 100 гб.