загружаешься с флэшки, ставишь винду. после завершения установки открываешь командную строку от администратора, пишешь:
bcdedit /set {current} description "Windows 1" (название в скобках по своему усмотрению).
снова загружаешься с флэшки, ставишь винду в другой раздел. после завершения установки в новой винде повторяешь ту же команду, только уже с другим названием.