Должен быть только сам WIM и загрузчик, никаких sources вообще быть не должно)
Причём ведь и в самом wim удаляется куча всего и кое-что добавляется.
Не понимаю для чего всё делать с нуля, если можно взять существующее и ковырять его для изучения, а к созданию нового приступать лишь получив нужные навыки...
Возьмите к примеру WinPE10_Strelec, из под неё же создавайте и редактируйте. Там есть все инструменты вроде Gimagex и редакторов загрузки