Зависит от флешки. Если она сама поддерживает 3.0, то вставляй лучше в 3.0, так как скорость установки будет выше. В противном случае разницы нет совершенно. Ибо 3.0 читает обычную 2.0 флешку точно так же, как и USB 2.0. Единственная разница в скорости, как я и сказал выше.