Раз есть root-доступ (суперадминистратор), значит это не виртуальный хостинг, а виртуальный или физический выделенный сервер, на которым ты сам должен устанавливать и настраивать весь необходимый софт: web-сервер, сервер базы данных, интерпретатор языка и т.д... Вот для этого root-доступ и нужен.
Вся остальная работа с сервером (заливка файлов сайта, создание базы данных и пр.) производится только из под пользовательского доступа - никакого root.
Как именно производится начальное подключение к серверу, должно быть описано в документации, лежащей на сайте предоставившего сервер хостера. Всё прочее - в учебнике администрирования Linux.