Да, если система работает и запускается можно скопировать файлы установки Windows в папку к примеру на диск D и запустить setup все что на диске C было включая рабочий стол будут доступны после переустановки в папке Windows Old. Но все же все важное с компа лучше сохранить на отдельный внешний носитель.