Раздели диск на 2 раздела и перенеси на второй раздел все нужные файлы. Затем установи Винду на новый раздел. А дальше как угодно - можно пользоваться двумя разделами, а можно их объединить. А если ты будешь устанавливать Винду без форматирования диска, то системные файлы будут разбросаны по диску как попало. И будут тормоза. А приложения - это не файлы, поэтому их придется восстанавливать. Но можно и перенести все содержимое диска с одного на другой. Это сложнее.